NGS & Cancer - RNAseq bulk
Ref. 188001
Formation à l'analyse de données NGS (Next Generation Sequencing) de type RNA-seq (bulk) à destination des chercheurs franciliens dans le domaine du cancer.
- Duration: 10 hours
- Effort: 18 hours
- Languages: French
What you will learn
At the end of this course, you will be able to:
- les bases théorique des analyses NGS et du traitement des données de séquençage
- comment utiliser l’outil d’analyse de données R Studio et sur les méthodes statistiques
- le vocabulaire et les notions nécessaires pour dialoguer de manière plus efficace avec les bioinformaticiens en charge des analyses
- les bases théoriques et pratiques de l’analyse de données RNA-seq avec R Studio, notamment l’étude de l’expression différentielle de gènes.
Description
Il s'agit d'une formation à l'analyse de données NGS (Next Generation Sequencing) de type RNA-seq, principalement à destination des chercheurs travaillant dans le domaine du cancer ayant des recherches impliquant l'analyse de données de séquençage haut débit de type RNAseq (transcriptomique) en population. L'analyse de données de type single cell (en cellule unique) ne sera pas abordé dans ce cours.
La formation a pour objectif de vous permettre d'acquérir les notions théoriques vous permettant une meilleur compréhension de ce que permettent de telles analyses, pour mieux préparer les design expérimentaux de vos recherches. Elle a également pour but de vous initier à la pratique de ce type d'analyse, pour vous permettre de mieux évaluer ce que ce type d'analyse permet et ne permet pas. Pour les personnes disposant de données à analyser, il sera possible d'appliquer les pipeline présentés dans le cours sur vos données, toutefois pour aller plus loins dans l'analyse nous vous invitons à vous rapprocher des bio-informaticiens de vos institutions qui pourront vous aider à appréhender vos résultats.
Format
Cette formation se découpe en un ensemble de vidéos présentant les apports théoriques du cours. Les formateurs vous proposeront également des mises en pratiques sous R et R Studio, que vous pourrez reproduire chez vous sur un jeu de données test, ou sur vos propres données. Des QCM vous permettront de tester votre compréhension du cours. Une FAQ vous donnera les réponses aux questions fréquemment posées.
Cette formation sera ouverte en libre accès et en continu de janvier à décembre 2025, vous permettant de suivre les cours à votre rythme et en toute autonomie. Une inscription sera ainsi possible pendant toute l’année 2025 et vous permettra d’accéder immédiatement au contenu des cours.
Prerequisites
Cette formation s'adresse aux chercheurs, principalement biologistes, travaillant dans le domaine du cancer et débutant en bio-informatique.
Aucun prérequis n’est nécessaire : une prise en main du logiciel R Studio et une mise à niveau sur les bases NGS et statistiques sont inclus dans le programme de la formation.
Required Equipment
Pendant ces 8 semaines, vous pourrez apprendre les bases des analyses NGS et du traitement des données RNA-seq issues de séquençage. Des exercices pratiques vous permettront d’apprendre à analyser ces données, notamment l’expression différentielle de gènes.
Pour pouvoir reproduire les exercices proposés, votre ordinateur devra idéalement disposer d'un processeur i7 1.90 GHz, 8Go de RAM et 20Go d'espace disque. Il vous faudra installer, dans R Studio, les packages DESEq2, parathyroidSE, debrowser et ggplot2 ainsi que leurs dépendances.Lors du chapitre 2 de cours, l'une des leçons sera dédiée à l'installation de R et R Studio. Vous pourrez ainsi réaliser les analyses proposées dans les chapitres 2 et 4 sur les données test fournies par les formateurs, ou bien encore sur vos propres données.
Assessment and certification
Cette formation n'est pas certifiante.
A la suite de chacune des leçons, un quizz vous est proposé sous la forme d'un QCM. Il vous permettra d'auto-évaluer votre compréhension des enseignements proposés. Vous disposez de 2 essais pour répondre à chacun des QCM. Le bouton "Enregistrer" vous permet d'enregistrer les réponses que vous souhaitez donner, sans qu'elles soient évaluées. Pour valider vos réponses à un QCM et obtenir une note, vous devez répondre à toutes les questions puis cliquer sur "valider".
Course plan
- Introduction au séquençage d'ADN
- Principe du NGS
- Technologie Illumina
- Applications du NGS en cancérologie
- Application RNA-seq et intérêt en oncologie
- Formats de fichiers : données brutes
- Contrôle qualité des données
- Préparer les données pour l'analyse
- Alignement
- Formats de fichiers : données alignées
- Formats de fichiers : annotation et visualisation
- Visualisation avec IGV
- Comptage
- Technologie Long Read
- Approche RNA-seq Long-Read
- Single Cell 10X Genomics
- R et R Studio : prise en main
- Utilisation des données
- Types de données : vecteurs, facteurs
- Types de données : dataframes
- Les statistiques avec R
- Graphiques de base
- Le tidyverse
- Les figures avec ggplot2
- Des statistiques, mais pour quoi faire ?
- Champ d'étude statistique
- Analyses descriptives et exploratoires
- Estimation et fluctuation d'échantillonnage
- Les tests d'hypothèses
- Conduite d'un test de student
- Tests multiples et ANOVA
- Analyse d'expression différentielle RNA-seq
- L'analyse différentielle, taille d'effet, dispersion et force d'expression
- La méthodologie DESeq, les grands principes
- La librairie DESeq2, installation et utilisation
- La librairie R DEBrowser, installation et utilisation
- Résultats de l'analyse différentielle, points de vigilance en statistiques
- Enrichissement fonctionnel, méthodologie de calculs statistiques
- Analyses NGS, travailler sous un déluge de données
Course team
Coordination pédagogique des MOOCs NGS & Cancer
Categories
Nicolas Servant (Institut Curie), Pierre Gestraud (Institut Curie), Marc Deloger (Gustave Roussy), Jean-Charles Cadoret (U Paris Cité).
Equipe de formateurs du MOOC NGS & Cancer RNAseq
Categories
Sylvain BAULANDE, Sonia LAMEIRAS, Christophe MALABAT, Emmanuelle PERMAL, Yves CLEMENT, Olivier KIRSH, Gaëlle LELANDAIS
Organizations
License
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