En 2013, le Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) a lancé le projet « France Université Numérique ». L'objectif de ce projet national était de soutenir les universités françaises et leurs partenaires pour développer l'enseignement en ligne et promouvoir des méthodes d'enseignement et d'apprentissage innovantes en utilisant des outils numériques afin de favoriser la diffusion de la connaissance et de repenser l’élaboration et la transmission des savoirs, via en particulier la mise en place d’une plateforme de MOOC (Massive Online Open Courses ou, en français, Cours en Ligne Gratuits et Massifs). Le projet a été rendu possible grâce à la volonté du Ministère, la mobilisation des acteurs et surtout grâce au logiciel libre Open edX. Ce logiciel a été opportunément diffusé en open source le 1er juin 2013 par le consortium edX fondé par MIT et Harvard.
Ainsi, la plateforme FUN MOOC, a été lancée en octobre 2013 permettant aux universités françaises et francophones et à leurs partenaires de diffuser des cours en ligne.
Depuis septembre 2015, un groupement d’intérêt public a été créé pour porter la plateforme FUN et ses évolutions, pour développer de nouveaux partenariats et activités dans le cadre de la formation tout au long de la vie et pour accroître sa visibilité internationale notamment dans le monde francophone... Deux autres plateformes ont été créées en 2016 pour diffuser des cours en ligne à accès restreint : FUN Campus pour accompagner la digitalisation et l'hybridation des formations sur les campus et FUN Corporate pour une diffusion de formations en ligne auprès des entreprises.
En décidant du renouvellement du groupement d’intérêt public en septembre 2020, les six ministères signataires ont élargi son objet en positionnant France Université Numérique (FUN) comme opérateur public qui “contribue à l'expérimentation et l'étude des pratiques pédagogiques, et au développement des technologies au service de l'apprentissage”, “participe au développement des actions de formation professionnelle continue des établissements“ et inscrit ses actions dans une logique d’accessibilité numérique, d’ouverture des données et de diffusion des développements en open source.
Depuis 2020, de nouvelles missions ont été confiées à FUN. Ainsi, dans le cadre du Plan national de relance et de résilience (PNRR) faisant suite à la pandémie de COVID-19, le Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI) a sollicité FUN pour le développement de solutions éducatives numériques mutualisées.
Par ailleurs, le projet Digital FCU, porté par France Université Numérique, qui associe 19 universités, la FCU, ANSTIA et le collectif de jeux sérieux Ikigai Games for Citizen a été lauréat de l’AMI CMA France 2030 dans la filière Enseignement et Numérique, à l'été 2022. Ce projet, porteur de profondes transformations pour la formation professionnelle continue universitaire, va impacter significativement le développement de FUN durant ces prochaines années.