En dehors de la chirurgie et de la transplantation hépatique, ses intérêts de recherche se sont portés vers la thérapie cellulaire des maladies du foie et la bio-construction d'organes. Il est membre de l'unité de recherche Inserm U-1193. En 2014, il a créé CellSpace, une association dédiée à la promotion de la construction de tissus et d'organes par bio-ingénierie et à la mise en commun des équipes françaises dans ce domaine. Le professeur Franco a publié 280 articles scientifiques internationaux dans le domaine de la chirurgie hépatique et du carcinome hépatocellulaire.