Isabelle GIL enseigne depuis 2000 dans les Formations d'Ingénieurs en Partenariats (FIP). Elle a créé et mis en place de nouveaux exercices dirigés en premier cycle et des TP de mathématiques utilisant Matlab et Mapel pour plusieurs Formations d'Ingénieurs en Partenariat.
Elle est également membre active du développement de la Formation Ouverte à Distance (FOAD) pour l’EPN6 Mathématiques, Statistique et pour l'antenne alternance du Cnam depuis 2005.