Il a obtenu un doctorat avec «Summa Cum Laude» en écologie de la maladie en 2012 et a eu l'occasion de collaborer avec de grands experts internationaux dans l'étude écologique et évolutive des interactions entre l'animal et les parasites à l'état sauvage. Il est l'auteur et co-auteur de plus de 20 publications scientifiques sur l'écologie animale, en grande partie sur les implications de bactéries et de parasites sur la santé des populations aviaires migratrices. Plus largement, Rafael Ruiz-de-Castaneda a toujours été intéressé par l'approche écologique à la santé et sur les liens existent entre la santé animale et humaine.
Rafael Ruiz de Castaneda travaille depuis 2012 à la Faculté de Médecine de l'Université de Genève avec le Prof A Geissbuhler et plus récemment avec le Prof A Flahault dans le domaine de l'informatique médicale et la santé globale. Il est particulièrement intéressé à l'utilisation des approches éducatives novatrices tels que le e-learning, en particulier dans des contextes avec des ressources limitées en Afrique. Il fait partie de l'équipe de coordination du réseau RAFT (http://raft.g2hp.net/) et le MOOC portant sur Ebola est déjà sa deuxième expérience en termes de développement de cours en-ligne massif (premier MOOC sur la santé mondiale).