L’Université de Haute-Alsace est organisée autour de laboratoires et de facultés, IUT et écoles d'ingénieurs (aussi appelés composantes ou unités de formation et de recherche) et de nombreux services destinés aux étudiants, enseignants et entreprises.
L’UHA est ainsi constituée de 8 composantes : 4 facultés, 2 instituts universitaires de technologie (IUT) et 2 écoles d’ingénieurs. Celles-ci accueillent tout au long de l’année universitaire environ 11 000 étudiants sur les campus colmariens et mulhousiens. L’Université regroupe également une quinzaine de laboratoires et antennes de recherche ainsi qu'un centre de formation des apprentis universitaires (CFAU) et un service deformation continue.